Forskarutbildning omfattar dels kurser och litteraturstudier, dels ett forskningsarbete som redovisas i avhandlingen och försvaras muntligt vid disputationen. Forskarutbildningen skall i princip motsvara fyra års heltidsstudier, men i praktiken kan tiden variera.
Forskarutbildning vid preklinisk respektive klinisk institution
Omkring en fjärdedel av doktoranderna är registrerade vid prekliniska institutioner. Forskarutbildning vid preklinisk institution förläggs oftast under grundutbildningen eller i övergången mellan grundutbildning och AT. Ofta genomförs grund- och forskarutbildning parallellt till en början. Den forskarstuderande får dock räkna med att ägna sig åt forskning på heltid under en eller flera perioder genom studieuppehåll, under sommarlov etc. Forskarutbildning vid klinisk institution sker vanligen under ST eller därefter. De första kontakterna inför en klinisk forskarutbildning kan etableras under kurstid, vikariat, AT eller under ST. Kliniker forskar i mindre utsträckning än prekliniker på heltid.
Det går bra att när som helst börja forska, exempelvis under sommarlov, men villkoren för allmän och särskild behörighet måste vara uppfyllda före formell registrering. För allmän behörighet krävs minst 120 poäng i grundutbildningen. Särskild behörighet förutsätter tillräckliga kunskaper i det ämnesområde inom vilket forskarutbildningen ska ske. De kunskaper som förvärvas under grundutbildningen i det aktuella ämnet brukar tillgodose detta krav.