SYLF:s fullmäktige
Är föreningens högsta beslutande organ. Ordinarie fullmäktigemöte hålls årligen senast den 15 april. SYLF:s medlemmar utser fullmäktige vid lokalavdelningens årsmöte. Extra fullmäktigemöte kan hållas på begäran av styrelse, representantskapet eller då minst 20 fullmäktigeledamöter skriftligen begär detta. Lokalavdelningarna eller enskild fullmäktigeledamot kan senast sex veckor före mötet väcka frågor genom att skriftligt anmäla dessa till styrelsen. Kallelse till möte sker minst en månad före. Antal fullmäktigedelegater är satt i relation till storleken på lokalavdelningen enligt en speciell formel som finns i SYLF:s stadgar. SYLF:s fullmäktige utser också SYLF:s ledamöter till Sveriges läkarförbunds fullmäktige.
SYLF:s representantskap
Är SYLF:s rådgivande organ som företräder SYLF:s 27 lokalavdelningar. Lokalföreningens medlemmar utser representantskapsledamöter för en period av ett år vid det lokalavdelningsmöte då fullmäktige utses. Representantskapet sammanträder på kallelse av SYLF:s styrelse eller på begäran av minst fem representantskapsledamöter. Ett ordinarie representantskapsmöte hålls varje höst, kallelse utgår minst en vecka i förväg.
SYLF:s styrelse
Väljs av fullmäktige vid ordinarie fullmäktige möte och består av ordförande, vice ordförande, redaktör och fyra ledamöter. Samtliga utses för en period av två år, ordförande och tre ledamöter väljs varje udda år och vice ordförande och en ledamot väljs varje jämnt år. Styrelsen beslutar i alla frågor som inte enligt stadgarna är förbehållna fullmäktige eller representantskap.
SYLF:s kansli
Kansliet ger information till medlemmarna och lokalavdelningarna i fackliga frågor och arbetar med analys av undersökningar, sammanställning av rapporter, enkäter och fackligt informationsmaterial. Kansliet stödjer SYLF:s styrelse i dess arbete.