Den 1 januari 2004 avskaffades lönetarifferna för AT-läkare som då istället fick rätt att förhandla sin lön individuellt. Fram till 1 april 2011 har det funnits en lägstlön, som sedan 2010 är 25 000 kr. Efter 1 april 2011 har denna alltså tagits bort och lönesättningen av AT-läkare är fri och individuell, som för alla andra grupper. Samtidigt får AT-läkarna rätt till en ny förhandling efter 12 månaders anställning, mot tidigare 18 månader efter examen. Därefter kan förhandling om lön upptas var tolfte månad. Det senare är tänkt att ge möjlighet till förhandling för de som får förlängd AT-tid p.g.a. exempelvis forskning eller föräldraledighet. De särskilda bestämmelserna kring AT-läkares rätt att förhandla om lön beror på att ATs tjänstekonstruktion som gör att AT-läkarna inte är med i den årliga löneöversynen som övriga anställda.
Det finns inte några skrivningar i det centrala löneavtalet om s.k. "leg-lön" efter viss tid. Någon ”leg-lön” existerar inte heller. Tidigare avsåg "leg-lön" den lägsta nivån i legitimerade läkares tarifflönestege (år 2000 motsvarade det 23 690 kr/månad), men sedan detta avskaffats och ersatts av rätt till individuell löneförhandling saknas någon fast nivå att hänvisa till.
2011 uppgav enbart 35 % av de svarande i SYLF:s AT-ranking att de löneförhandlat. Av dessa upplevde endast 36 % att den de förhandlade med verkligen hade mandat att sätta deras lön. Speciellt stort var detta problem bland dem som förhandlade med personalhandläggare, vilket också var den största gruppen. Av alla AT-läkare är det dessutom hela 32 % som inte vet vem deras lönesättande chef är.
SYLF:s åsikt är att chefskapet för AT-läkare måste tydliggöras och genom det nya avtalet från april 2011 så stärks också kraven på detta. Förhoppningsvis kommer vi därför att få se allt fler AT-chefer framöver. SYLF tror också att AT-läkarnas löner gynnas mest av just individuell förhandling och enkäter bland våra medlemmar har gett oss stöd i denna åsikt, även om det inte fungerar optimalt idag. Lägstlönen tror vi de senaste åren har normerat lönerna nedåt och är därför positiva till det nya avtalet utan sådana, även om lönebildningen nu måste följas noggrannare och AT-läkarna måste få mer stöd för att själva ta ansvar för sin löneutveckling. Ett stort problem i sammanhanget är bristen på AT-platser i landet, en fråga som SYLF också arbetar med.