MSF:s högsta beslutande organ är fullmäktigemötet. Fullmäktigemötet fastställer riktlinjerna för MSF:s verksamhet. På fullmäktigemötet är lokalavdelningarna representerade i förhållandet till sitt medlemsantal.
Förbundsstyrelsen består av ordförande, vice ordförande och en representant från varje lokalavdelning. Förbundsstyrelsen ansvarar för MSF:s nationella arbete och samordnar lokalavdelningarnas arbete.
En viktig del av MSF:s verksamhet svarar lokalavdelningarna för. De lokala styrelserna utformar själva sin programverksamhet och arbetar med de frågor som är aktuella på respektive studieort. Lokalavdelningarna svarar bl a för information och rekrytering av nya medlemmar, bevakning av utbildningen och handledningen håller hög kvalitet samt för kontakter med Läkarförbundets lokalföreningar och de medicinska studieråden/föreningarna. Ett aktivt arbete lokalt är en förutsättning för MSFs möjligheter att påverka i viktiga frågor.
MSF är dessutom representerat i flera centrala organ inom Läkarförbundet som Centralstyrelsen, Läkarförbundets högsta verkställande organ samt Läkarförbundets fullmäktigemöte, förbundets högsta beslutande organ. MSF har tolv delegater.
Så här ser MSFs organisation ut